Cell | 建立人类树突状细胞与这两项T细胞相互作用模型

巨噬细胞-巨噬细胞强子所致繁复，包含大量分子结构与频谱路中，学界研习多年，仍旧是管中都窥豹。来自法国巴黎PSL研究大学的Vassili Soumelis团队于在Cell时尚杂志上出版题为A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的篇文章，成立了测试与方法论独创的研究方法，测试上，在蛋白质高水平探测了巨噬细胞所肠道的上皮细胞与应激反应；方法论上，成立了频谱输入负载错综繁复的保持联系和强子关联。笔记以生命基底树突状巨噬细胞（Dendritic cell，缩写DC）与如前所述T巨噬细胞（T Helper cell，缩写Th）错综繁复的强子为研究对象，分析了36事例DC相关的频谱分子结构和17种Th肠道的上皮细胞，并借助于这些原始数据成立数学框架，演算出56种不太可能被测试确认的巨噬细胞互为关联，与此同时，还可推测出290种可能关联，并确认了IL-12p70可以通过IL-1频谱路中抑制17型如前所述T巨噬细胞（缩写Th17）。首先，笔记采集了生命基底单核巨噬细胞举事例的DC（MoDCs）和外周血浆CD11c+DC（bDCs）两类巨噬细胞，并性刺激24小时。所选用的性刺激频谱主要都有三大类共计14种。第一种：内源频谱分子结构，包含干扰素beta（interferon β，缩写IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll所发介导的辅因子，包含Toll4介导的胺类脂多糖（ lipopolysaccharide，缩写LPS），Toll1/2介导胺类PAM3CSK4，Dectin1胺类Curdlan，Toll2/Dectin1胺类 zymosan，Toll7/8介导胺类R848，Toll3介导胺类 poly(I：C) 和NLRP3上皮细胞小基底活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，包含冷却灭活的Candida albicans （缩写HKCA），诺里奇菌（Listeria monocytogenes，缩写HKLM），Staphylococcus aureus （缩写HKSA）， Streptococcus pneumoniae （缩写HKSP）和病毒（influenza virus，缩写flu）。接下来，笔记通过流式巨噬细胞术等方法，探测了36种DC相关分子结构的表达可能，其中都，29种处于巨噬细胞表面，7种处于巨噬细胞肠道上光绪年间之下都。结果显示，除了一些目前为止的DC巨噬细胞叛离之外，笔记还有了一些新见到：（1）zymosan性刺激的MoDCs 表达高高水平的CD54 和PVR；（2）病毒性刺激的MoDCs可以抑制ICOSL；（3）LPS性刺激的MoDCs 可以抑制高高水平的CD30L和CD83。先下来，笔记将这些性刺激过的DC与T巨噬细胞名教授6天，随后探测Th的增殖效率以及17种Th相关上皮细胞的表达肠道可能。新奇的是，笔记将Th和DC的观感互为较为，见到，这二者错综繁复并不存在一一对应的关联，也就是说，两种性刺激物对DC产生的特性相同，但是，这两种性刺激物所处理的DC与T巨噬细胞名教授之后，产生的特性很可以各不相同。接着，笔记选用讯息学的方法，以上述测试原始数据成立框架。简单来说，笔记综合DC负载的36种频谱分子结构和Th负载的17种效应分子结构，将两两错综繁复的关联简化为“相反基因表达”和“连续性基因表达”两种，并且，还转入原始数据库和已出版史料中都的讯息，成立了繁复的频谱基因表达的网络。事例如，通过这一框架，笔记见到， IL-10的连续性基因表达分子结构包含OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而相反基因表达分子结构包含Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这所发，给予DC不同的性刺激频谱，笔记就可以可推测Th叛离巨噬细胞IL-10的表达肠道可能。再次，笔记利用这所发框架，设法可推测并确认新巨噬细胞互为关联。通过成立的框架，笔记见到，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2协同肠道时，倾向于基因表达IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 协同出现时，则更倾向于基因表达IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的表达高水平都显着增大。这些结果说明，IL-12参与Th17的抑制分化。为了进一步探讨IL-12抑制Th17的机制，笔记选用基底外抑制Th的框架，见到，IL-12并不能直接抑制Th17，但是，同时转入IL-1和IL-12，Th17就抑制出来了。这是一篇测试与方法论独创的代表作品。测试结果与计算建模互为支持，互为指导，便是。如下图所示，测试部份选用了保持良好关联两部份原始数据，一是何种性刺激下DC巨噬细胞的叛离，二是叛离后的DC对T巨噬细胞的作用。方法论部份以DC和T巨噬细胞的负载上皮细胞为架构，成立了上皮细胞错综繁复的相反和连续性基因表达的网络框架。通过这一框架，笔记众所周知一些新巨噬细胞间互为关联，之后先用测试确认这些关联是不是属实。这序言的亮点有两处，一是成立和测试方法论独创研究的范本，二是篇文章中都提供的诸多巨噬细胞基因表达讯息以供研究参照。原始出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.